Le pommier domestique est un arbre hermaphrodite à feuilles caduques. Selon les variétés, il mesure de 2 à 15 mètres et peut être soumis à la taille ou élevé en plein-vent. Il fleurit en mai (fleurs roses) et donne des fruits acides (pommes à cidre) ou sucrés (pommes à couteau ou de table).

Il peut vivre plus de 100 ans mais les arbres cultivés en verger sur des porte-greffes nains (type M9) sont généralement remplacés tous les 15 ans car leur fécondité commence à baisser. Les arbres de haute tige peuvent, eux, bien produire jusqu'à l'âge de 30 ans.

La pomme est en partie vrai-fruit pour le trognon comprenant les pépins, organes de reproduction, et faux-fruit pour la chair qui dérive du réceptacle floral.

Les feuilles du pommier sont simples, à limbe denté et à disposition alterne.

Chaque bouton à fleurs donne une inflorescence de cinq fleurs hermaphrodites à symétrie radiaire disposant chacune de cinq pétales blancs, un calice composé de cinq sépales, environ 20 étamines et un pistil se divisant en cinq styles. L'ovaire a quatre carpelles contenant deux ovules, ce qui donne généralement 10 pépins mais certains cultivars en ont davantage. Liberty et Northern Spy, par exemple, produisent entre 12 et 18 pépins et le porte-greffe Ottawa 3 donne souvent entre 20 et 30 pépins. Les cultivars de pommier ont des tendances hétérogènes à l'alternance dont l'origine est en lien avec les flux des glucides et des phytohormones9.

L'écorce du pommier et les pépins de pommes renferment un hétéroside, le cyanure, qui est toxique à haute dose mais totalement inoffensif pour l'homme en cas d'ingestion de quelques pépins.

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